突破类器官样本限制：DRUG-seq/SMART-seq转录组测序解锁微量细胞全景信息

类器官药物应答批量筛选（如肿瘤类器官/疾病类器官的药物敏感性测试）- DRUG-seq

场景描述：

如同时检测24个及以上类器官样本（例：不同药物浓度、不同药物种类处理的肿瘤类器官），核心需求是快速判断“药物是否改变类器官整体基因表达趋势”（如炎症通路、凋亡通路的整体上调/下调），无需解析基因的全长序列或稀有转录本。

核心依据：

① 1000+细胞的类器官样本量完全匹配其送样要求，无需额外富集细胞；

② 1G/样本的测序量足以覆盖1-1.2万核心基因（含药物应答关键通路基因，如PI3K、MAPK），满足“整体表达趋势判断”需求，无需更高测序深度；

③ 24个样本起送，单价较低，具备成本优势，适合批量样本的高通量检测，大幅降低实验成本。  

④ 而SMART-seq单样本单价较高，批量检测成本过高；6G测序深度和全长转录本能力在此场景下属“功能冗余”，无法提升筛选效率。

类器官中稀有细胞亚型的转录组解析（如类器官内的干细胞样细胞、分化前体细胞）-SMART-seq

场景描述：

类器官中某类目标细胞占比极低（如仅占5%-10%），分离后仅能获得100-500个细胞，核心需求是“精准捕捉该稀有细胞的全部表达基因”（包括低表达的细胞身份标志物基因），并区分亚型特异性的转录本特征。

核心依据：

① 50-1000个细胞的送样要求完美匹配稀有细胞的低起始量，无需为细胞量发愁；

② 1.8-2万的基因覆盖度远高于DRUG-seq，能捕捉稀有细胞中低表达的“身份基因”；

③ 单细胞全长测序特性，可区分该亚型细胞中“基因亚型差异”。  

④ 而DRUG-seq需1000+细胞的送样要求无法满足稀有细胞的低起始量，且1-1.2万的基因覆盖度可能遗漏稀有细胞的关键标志物基因，3'端测序也无法解析转录本亚型。

参考文献：
【1】Li J, et al. Transcriptome-based chemical screens identify CDK8 as a common barrier in multiple cell reprogramming systems. Cell Rep. 20233:Li J, et al. 

【2】Picelli S, Faridani O R, Björklund Å K, et al. Full-length RNA-seq from single cells using Smart-seq2[J]. Nature protocols, 2014, 9(1): 171